È la storia dell’intelligente e gentile Kubo, che racconta storie fantastiche alla gente del suo paese in riva al mare. Ma quando accidentalmente evoca un antico spirito in cerca di secolare vendetta, è costretto a fuggire e si unisce a Monkey e Beetle in una “quest” (ricerca) per salvare la sua famiglia e svelare il mistero della morte del padre. Col suo magico strumento, lo shamisen, dovrà combattere contro dèi e mostri.